ผู้ร้องเรียน สามารถร้องเรียนกับ อย. ได้ (หากมีความประสงค์ที่จะให้ อย. รับเรื่องและส่งต่อหน่วยงานที่รับผิดชอบดำเนินการ) ทั้งนี้ ให้เจ้าหน้าที่แจ้งข้อมูลติดต่อของหน่วยงานที่รับผิดชอบให้ผู้ร้องเรียนทราบ พร้อมอธิบายให้ผู้ร้องเรียนรับทราบว่า เรื่องร้องเรียนดังกล่าวอยู่ในความรับผิดชอบของหน่วยงานใด หากผู้ร้องเรียนแจ้งร้องเรียนที่หน่วยงานนั้นโดยตรงจะทำให้เรื่องที่ร้องเรียนได้รับการจัดการในระยะเวลาที่รวดเร็ว เนื่องจากหากแจ้งร้องเรียนกับ อย. ทาง อย. จะต้องดำเนินการเสนอเรื่องร้องเรียนผ่านเลขาธิการคณะกรรมการอาหารและยาเพื่อพิจารณา และส่งต่อเรื่องร้องเรียนไปยังหน่วยงานที่รับผิดชอบต่อไป ซึ่งกระบวนการดังกล่าวต้องใช้ระยะเวลาดำเนินการอย่างน้อย 3-5 วันทำการ